在2004年上映的电影《奈克瑟斯奥特曼剧场版》中，故事线错综复杂且充满紧张刺激。海上自卫队二尉有动贵文，在一次调查不明飞行物体时遭遇蓝光袭击，其遗传因子发生变异，化身为凶恶的怪兽THEONE。几个月后，航空自卫队飞行员真木舜一因照顾患病儿子继梦而辞职，却在最后一次执行任务中与神秘红色光芒相遇并奇迹般生还。然而，BCST（生物工程学研究机关）的化学担当官水原沙罗对真木保持高度关注，并强制将其带往废工厂进行监视。正当人类陷入绝望之时，THEONE再度现身于新宿街头，释放出毁灭性的超绝火炎光弹，导致街道被彻底摧毁。此时，有恸——THEONE前恋人——为了心中的回忆和与儿子继梦的约定，决定再次面对THEONE的威胁。真木舜一在巨大化为40米、拥有红色流血状特征的形态下，凭借强烈的意志力成功变身，与THEONE展开了一场激烈的对决。最终，新宿副市中心成为了人类与怪兽决战的关键舞台，ULTRAMAN与THEONE之间的终极战斗即将爆发。这次电影不仅展示了两位主角的英勇与牺牲精神，还揭示了他们背后的复杂情感纠葛和对家族的深深眷恋。
