在经历了五年漫长而曲折的追查之后，《X档案：征服未来》以一出戏剧性的收尾宣告了经典剧集《X档案》系列的终结。随着X档案正式关闭，福克斯·穆德和丹娜·斯科莉被调离特异案件部门，开始处理一些看似平常但潜藏着不平凡线索的事务。某日，美国得克萨斯州达拉斯市突然发生一起爆炸案，穆德与斯科莉立即采取行动疏散人群，却还是无法阻止悲剧的发生——四名无辜的生命在此次事件中不幸陨落。这一悲剧性的转折不仅给两人带来了极大的心理压力，更直接导致他们受到了上级的严厉批评。然而，在调查过程中，穆德意外发现那四名牺牲者早在爆炸之前就已经离世，所谓的“爆炸案”其实是一场精心策划的骗局，背后隐藏着某个神秘且拥有高度权力的部门。这个部门多年来一直在进行外星生物的研究，并且他们的研究结果已经到了足以威胁人类存亡的地步。面对如此重大的秘密，穆德和斯科莉决定联手揭开真相，然而在追寻过程中他们遭遇了一系列超自然力量的干扰与阻碍，这些神秘力量似乎也在阻止着他们接近真相。最终，这对搭档能否突破重重障碍，揭示出隐藏在背后的阴谋？这一切将在这部特别制作中揭晓。
